Adresse : Place 5 de Mayo.

Situé dans l’ancien emplacement de la gare du train interocéanique de Panama, la construction du bâtiment a commencé en 1912 et il est devenu musée à partir de 1976.

Dans ses salles ont été exposées, parmi d’autres, des pièces de l’orfèvrerie de l’époque avant la conquête et autres obtenues dans les fouilles archéologiques . Dans ce dernier groupe se trouve la plus ancienne pièce en métal de l’Amérique centrale.

Des expositions temporaires constituent une attraction, on peut mentionner celles concernant la céramique polychrome de la région centrale et celle appelée «  Les visages des ancêtres »

La Bibliothèque spécialisée dans la préhistoire conserve des exemplaires d’une grande valeur historique, anthropologique et archéologique. L’Auditoire existant dans cette institution peut être utilisé pour des activités diverses.